本站最早設於日本統治時期1915年,原為臺灣總督府交通局鐵道部淡水線車站,戰後由臺灣鐵路管理局接手營運,為一地面車站,設於今萬全街與萬全街1巷交叉口,後因改建捷運淡水線於1988年停止營運,日式站體亦一併拆除。
現今車站位於心中山線形公園(原:捷運線形公園)與民生西路交叉口,接近承德路、中山北路,本站與鄰近的中山站相距僅約550公尺,為台北捷運最短的站距之一。捷運興建時曾暫名民生,通車前定名為「雙連」,取自台鐵原站名及現有地名,該名稱源自於日治時期填平的「雙連陂」。現加註副站名「馬偕紀念醫院」,車站編號方面,淡水信義線為R12,計畫中的民生汐止線為SB02。