本站最早設於日本統治時期1901年,原為臺灣總督府交通局鐵道部淡水線車站,戰後由臺灣鐵路管理局接手營運,為一地面車站,後因改建捷運淡水線於1988年停止營運,原站體亦一併拆除。
現今車站位於北投路、育仁路間,育仁路與光明路口一帶,接近大興街口,站名取自當地地名及原有站名,「北投」為平埔族凱達格蘭族語中「女巫」之意。車站編號為R22。
2018年夏季台北捷運於部分車站新增日本語到站廣播,與日治時期採音讀「ほくとう〔ほくと〕 Hokuto ? [註 2] 」不同,此次新增以華語譯音「ペイトウ Peitō」廣播。