1936年(日昭和11年)4月1日創校,原名「臺北堀江公學校」。1937年(日昭和12年),新校舍落成。1941年(日昭和16年),校名改為「臺北堀江國民學校」。1945年(日昭和20年;民國34年)10月25日,第二次世界大戰結束,臺灣由國民政府接收,校名改為「臺北市雙園區雙園國民學校」。1965年(民國54年),成立雙園啟智班。1968年(民國57年),校名改稱「臺北市雙園區雙園國民小學」。
1978年(民國67年),露天游泳池落成啟用。1981年(民國70年),成立「雙園國民小學附設夜間補校」。1999年(民國88年),設立「西區特殊教育資源中心」。